猪圆环病毒2型(PCV2)是猪源疾病中的主要致病原。为了解新疆北疆部分地区PCV2的感染情况及阳性毒株基因型。在石河子及北屯地区的屠宰场共采集了203份抗凝血液,采用PCR方法对血样进行PCV2检测,在分离的PCV2阳性毒株中,选取2株克隆、测序,并进行了同源性分析和遗传进化分析。结果在待检样品中,PCV2阳性感染率为7.9%(16/203);两个阳性样品测得序列之间的同源性为100%,它们与PCV2a参照序列之间的同源性为86.4%~87.4%,与PCV2b参照序列之间的同源性为92.9%~96.4%;两个阳性样品的序列在构建的遗传进化树中与PCV2b参照序列同属于一个分支,亲缘关系较近。结果证实本研究中所获毒株属于PCV2b基因型,表明新疆北疆部分地区猪群中存在PCV2感染,其基因型为2b型。